Strona główna Aktualności
Przyroda

Nagrody za prace nad komputerowym modelowaniem białek

25.04.2007 Przyroda, Ludzie Nauki
Dr hab. Janusz Marek Bujnicki z Międzynarodowego Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie został laureatem dwóch prestiżowych nagród. Doceniono go za wkład w rozwój komputerowych metod modelowania, które przyczyniają się do poznania trójwymiarowej struktury białek – jednego z głównych budulców naszego organizmu. Wyróżnienia te to nagroda Prezesa Rady Ministrów dla najlepszej rozprawy habilitacyjnej oraz nagroda Akademii Nauk Państw Grupy Wyszehradzkiej dla młodych naukowców (Visegrad Group Academies Young Researcher Award 2006) za ogół prac na temat ewolucji zależności pomiędzy sekwencją aminokwasową, strukturą przestrzenną i funkcją białek.

TAJEMNICE WNĘTRZA BIAŁKA

Przewidywanie struktury białek jest jedną z najprężniej rozwijających się dziedzin współczesnej biochemii i bioinformatyki. Ma znaczenie nie tylko poznawcze; otwiera również możliwość praktycznych zastosowań w wielu dziedzinach. Określenie przestrzennego kształtu białka jest bowiem niezbędne do poznania roli, jaką spełnia ono w organizmie.

„Znajomość jego struktury możne posłużyć do zaprojektowania nowych leków oraz inspirowania eksperymentów, które pozwolą otrzymać nowe, bardziej użyteczne białko” – mówi Bujnicki.

Jednak badanie protein metodami doświadczalnymi (krystalografia i rezonans magnetyczny) jest kosztowne i czasochłonne. Pełna analiza przestrzennego ułożenia sekwencji aminokwasów może trwać nawet kilka lat, a czasami w ogóle się nie udaje. Dlatego dużą nadzieję pokłada się w metodach teoretycznych, opartych na modelowaniu komputerowym. Specjalistyczne programy pozwalają znacznie szybciej - w ciągu kilku godzin, minut, a nawet sekund - odgadnąć sposób zwinięcia nici aminokwasowej.

Modelowanie takie może się opierać na budowaniu trójwymiarowego modelu białka „od zera” (na podstawie znajomości sekwencji aminokwasów) lub w oparciu o identyfikację jego pokrewieństwa ewolucyjnego do innych, wcześniej poznanych, białek.

SZANSA NA NOWE LEKI

Wyróżniona przez ekspertów praca habilitacyjna dra Bujnickiego dotyczyła metylotransferaz RNA, czyli enzymów, które zmieniają właściwości kwasu nukleinowego poprzez modyfikowanie czterech podstawowych „liter alfabetu genetycznego”: A,U,C i G. „Działanie tych enzymów można porównać do dodawania podstawowym literom różnych +ogonków+, co znacząco zwiększa ilość kombinacji oraz możliwość tworzenia cząsteczek RNA o różnych funkcjach” – wyjaśnia Bujnicki.

Okazuje się, że opisane modyfikacje są jednym z mechanizmów nabywania oporności na antybiotyki przez bakterie chorobotwórcze. „Niektóre enzymy poprzez dodawanie owych +ogonków+ do liter bakteryjnego RNA sprawiają, że patogen staje się zupełnie niewrażliwy na najczęściej stosowane leki” – wyjaśnia Bujnicki.

Na całym świecie, także w krajach wysoko rozwiniętych, stanowi to coraz większy problem Wielu pacjentów umiera zanim uda się znaleźć skuteczne lekarstwo. Dlatego zrozumienie procesu nabywania oporności i poznanie struktury odpowiedzialnego za to białka jest kluczowe dla rozwoju medycyny i opracowywania nowych, skutecznych leków.

Kierowany przez Bujnickiego zespół zajmuje się teoretycznym i doświadczalnym badaniem białek i RNA, a ostatnio także projektowaniem małych cząsteczek, które staną się punktem wyjścia do tworzenia leków. „Udało nam się już zidentyfikować pewne cząsteczki, w obecności których potraktowane antybiotykiem patogeny giną, choć normalnie są na niego niewrażliwe” – cieszy się naukowiec.

Biolodzy wierzą, że w przyszłości modelowanie komputerowe przyczyni się do opracowania skutecznej szczepionki zapobiegającej zarażeniu wirusem HIV, a także leku hamującego przerzutowanie nowotworów.

WIRTUALNE BIAŁKA

Farmacja i medycyna nie są jednak jedynymi dziedzinami, które bazują na tej technice. Wykorzystuje się ją również w przemyśle chemicznym (nowoczesne proszki do prania) i spożywczym (produkcja piwa), produkcji tworzyw sztucznych czy utylizacji szkodliwych odpadów.

Próby tworzenia modeli białek przy użyciu komputerów rozpoczęto w latach 70-tych ubiegłego wieku. Do tej pory naukowcom udało się doświadczalnie poznać budowę przestrzenną około 30 tys. białek i określić ponad trzy miliony sekwencji białkowych.

Tegoroczne nagrody nie są pierwszymi wyróżnieniami dla dr Bujnickiego. W 2002 r. otrzymał on prestiżową nagrodę Programu Młodych Badaczy (Young Investigator Programme Award), przyznawaną przez Europejską Organizację Biologii Molekularnej (EMBO) i Instytut Medyczny Howarda Hughesa (HHMI). Doceniono jego projekt dotyczący przewidywania struktury białek, badania ich ewolucji i inżynierii ich funkcji.

W 2002 i 2004 r. dwa zespoły z warszawskiego laboratorium dr Bujnickiego uplasowały się w pierwszej piątce prestiżowego, międzynarodowego konkursu w modelowaniu struktury przestrzennej białek, odbywającego się w Stanach Zjednoczonych pod nazwą Critical Assesment of techniques for protein Structure Prediction (CASP). Z kolei w ostatniej edycji CASP w 2006 r grupa studentów z jego poznańskiego laboratorium zajęła wysokie miejsce w kategorii „przewidywanie funkcji białek”.

***

Dr hab. Janusz Marek Bujnicki jest kierownikiem Pracowni Bioinformatyki i Inżynierii Białka z Międzynarodowego Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie oraz grupy badawczej na Wydziale Biologii Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu.

PAP - Nauka w Polsce, Katarzyna Pawłowska

krx

Podziel się
Ocena: 0 głosów

Logowanie



Nie pamiętam hasła

Rejestracja

Komentarze: 0
Skomentuj Zobacz wszystkie  

Uwaga Redakcje!

Wszelkie materiały PAP (w szczególności depesze, zdjęcia, grafiki, pliki video) zamieszczone w serwisie "Nauka w Polsce" chronione są przepisami ustawy z dnia 4 lutego 1994 r. o prawie autorskim i prawach pokrewnych oraz ustawy z dnia 27 lipca 2001 r. o ochronie baz danych.

 

PAP S.A. zezwala na bezpłatny przedruk artykułów z Serwisu Nauka w Polsce pod warunkiem mailowego poinformowania nas raz w miesiącu o fakcie korzystania z serwisu oraz podania źródła artykułu. W portalach i serwisach internetowych prosimy o zamieszczenie podlinkowanego adresu: Źródło: www.naukawpolsce.pap.pl a w czasopismach adnotacji: Źródło: Serwis Nauka w Polsce - www.naukawpolsce.pap.pl. W przypadku portali społecznościowych prosimy o umieszczenie jedynie tytułu i leadu naszej depeszy z linkiem prowadzącym do treści artykułu na naszej stronie, podobnie jak to jest na naszym profilu facebookowym. 

 

Powyższe zezwolenie nie dotyczy: informacji z kategorii "Świat" oraz wszelkich fotografii i materiałów video.

 

Informacje tekstowe z kategorii "Świat" można pozyskać odpłatnie abonując Serwis Nauka i Zdrowie PAP. Serwis ten zawiera ponadto wiele innych najnowszych doniesień naukowych z zagranicy oraz materiałów dotyczących szeroko rozumianej problematyki zdrowotnej. 

 

Informacje na temat warunków umowy można uzyskać w Dziale Sprzedaży i Obsługi Klienta PAP, tel.: (+48 22) 509 22 25, e-mail:  pap@pap.pl

 

Informacje o przedruku artykułów z Serwisu Nauka w Polsce, prośby o patronaty medialne, informacje o prowadzonych badaniach, organizowanych konferencjach itd., prosimy przesyłać na adres: naukawpolsce@pap.pl

 

 

Najpopularniejsze materiały

więcej

Książka

Jak promować naukę? Jest nowy, bezpłatny poradnik Jak promować naukę? Jest nowy, bezpłatny poradnik

Jak opowiadać o nauce Kowalskiemu? Gdzie i kiedy promować wyniki badań naukowych? Jak się przygotować do wykładów popularnonaukowych czy wywiadów telewizyjnych? - odpowiedzi na te pytania naukowcy znajdą w bezpłatnym poradniku pt. "Sztuka promocji nauki" wydanym przez OPI.

Więcej

Myśl na dziś

Naukowcy usiłują przekształcić to co niemożliwe – w możliwe. Politycy często chcą przekształcić to co możliwe – w niemożliwe.
Bertrand Russell

Nasz blog

Przełamując efekt Matyldy Przełamując efekt Matyldy

Maria Skłodowska-Curie czy Katherine G. Johnson to kobiety nauki, które odniosły sukces, przełamały społeczną nieufność, zdobyły zasłużone laury, a ostatnio "upomniało się" o nie kino. Jednak tych, których wybitne dokonania naukowe długo pozostawały w cieniu i wciąż są mało znane jest wiele. Cecilia Payne-Gaposchkin, Jocelyn Bell Burnell czy Trottula, to tylko niektóre z nich.

Więcej

Tagi

-->